由于要求指示菌的條件較多，在眾多的人糞便細(xì)菌中，沒有一種是理想的指示菌。故只能在其中選擇相對較為合適的細(xì)菌作為糞便污染指示菌。在正常人糞便中常見、數(shù)量最多的是擬桿菌屬、乳酸桿菌屬細(xì)菌，但它們作為專性厭氧菌，在排出人體外接觸O2就迅速死亡，且檢驗技術(shù)比較復(fù)雜，不宜選作糞便污染指示菌。其次是以大腸埃希氏菌(通稱大腸桿菌)為代表的腸桿菌科細(xì)菌和糞鏈球菌等好氧或兼性厭氧菌，約占糞便總菌數(shù)的1/100。其中大腸桿菌的生活習(xí)性與腸道病原菌較為接近，對氯的抵抗能力與病原菌較為相似而比糞鏈球菌強(qiáng)，在水中存活的時間亦與病原菌基本一致而長于糞鏈球菌，而且數(shù)量較多，易于培養(yǎng)，即使被稀釋數(shù)萬倍也易檢出，比較符合糞便污染指示菌的條件。而糞鏈球菌由于抵抗力比病原菌弱，如果水中不會自行繁殖，因此，水中若發(fā)現(xiàn)糞鏈球菌存在，則可確定水體正受糞便污染。

　　目前，國內(nèi)外多數(shù)采用以大腸桿菌為主的組群細(xì)菌— —大腸桿菌來作為糞便污染指示菌，以大腸桿菌數(shù)作為水的衛(wèi)生質(zhì)量指數(shù)，即根據(jù)水中大腸桿菌的數(shù)目判斷水源是否被糞便污染，并間接推測水源受腸道病原菌污染的可能性。為更準(zhǔn)確地了解糞便污染情況，必要時選取糞鏈球菌作為水質(zhì)衛(wèi)生評價的一個補(bǔ)充參數(shù)。另外，糞便細(xì)菌中有一種產(chǎn)氣莢膜梭菌，可以作為陳舊糞便污染的指示菌。因為這種產(chǎn)氣莢膜梭菌可形成芽孢，能在水中長期生存。若水中未發(fā)現(xiàn)大腸菌群和糞鏈球菌，而檢出了產(chǎn)氣莢膜梭菌，則可表明該水體在以前曾受到過糞便污染。